Modifikasyon, canlılarda çevrenin etkisiyle meydana gelen ve kalıtsal olmayan özelliklerdir. Çevre koşulları (ısı, sıcaklık, besin) bazı genlerin çalışmasını değiştirebilir. Bundan dolayı ortam koşulları eski haline dönünce canlıda eski haline döner veya oluşan karakter oğul döllere aktarılmaz. Yapılan birçok araştırma modifikasyonların kalıtsal olmadığını göstermiştir. Örneğin, güneş banyosu yapan kimselerin derileri bronzlaşır. Ancak bu yeni deri rengi çocuklarına geçmez. Yine August Weismann sonradan kazanılmış karakterlerin kalıtsal olmadığını fareler üzerinde yaptığı deneylerle ispatlamıştır. Weismann, farelerin 20 döl boyunca kuyruklarını kestiği halde, 21. dölde de kuyruklu fareler doğmuştur.Şunlar da modifikasyonlara örnek olarak verilebilir:
Arı kovanında döllenmiş yumurtalardan oluşan larvalar; arı sütü ile beslenirse kraliçe arı, bal özü ile beslenirse işçi arılar gelişir.
Çuha çiçeği; 15-20 derecede yetiştirilirse kırmızı renkli olur, 30-35 derecede yetiştirilirse beyaz renkli olur.
Yazın güneş banyosu yapan insanların tenleri bronzlaşır, kış aylarında ise eğer beyazsa kendi rengine geri döner.
Himalaya tavşanlarının beyaz tüyleri kazınıp üstüne buz konunca yeni çıkan tüyler siyahtır.
Sirke sinekleri 18 derecede doğarlarsa kıvrık, 34 derecede doğarlarsa düz kanatlı olurlar.
(Canlılarda modifikasyonu meydana getiren dış şartlar besin, sıcaklık, nem ve mekanik etkilerdir. Fakat vücut hücrelerinde olduğu için sadece o canlı ile sınırlı kalır ve oğul döllere aktarılamaz.)
Nitekim Darwin, canlıların çevre şartlarının etkisiyle değişip diğer canlılara dönüşebileceklerini iddia ederken, diğer yandan Mendel, canlı türlerinin çevre etkisiyle değişmeyeceklerini deneysel olarak ispatlamış, kalıtımın belirli sınırlar içinde gerçekleştiğini göstermişti. Darwin’in fikirleri deneylere değil tamamen spekülasyona dayanan bir teori olarak kalırken Mendel, uzun ve sabırlı bir çalışmayla kalıtım kanunlarını deney ve gözlemleriyle bilim tarihine sunmuştu. Birbirlerinin çağdaşı olmalarına rağmen, Mendel’in genetik çalışmalarının bilim dünyasında kabul görmesi ise Darwin’den 35 yıl sonra mümkün olmuştu. Çünkü Mendel’in temellerini attığı genetik bilimi, Evrim teorisinin varsayımlarını çürütmüş ve evrimciler bunu kabullenmemek için uzun süre direnmişlerdi. Ancak bilimsel gelişmeler, Mendel’in bulgularını kabul etmelerini zorunlu kılmış ve evrimciler de teorilerinde buna göre göstermelik değişiklikler yapmayı tek çıkar yol olarak görmüşlerdi.